Figur 2: Et prototype DNA vaccine plasmid produceret i f.eks. E.Coli. Promoteren som oftest er en stærk konstitutiv viral (CMV virus) promoter sikrer initiering af expression. Det immunogene protein her indsat som komplet gen udtrykkes og secerneres eller sættes ind i celle membran (afhængigt af leader sekvens).

Dette stimulere primært antistofdannelse. Minigenerne derimod indeholder kun et MHC-I restrictet CTL epitop. Man kan indbygge 10-20 af sådanne epitoper i et enkelt plasmid. Dette er yderst relevant ved HIV og malaria som udvikler mutationer i netop disse epitoper, hvorfor man må vaccinere med multiple af sådanne epitiop varianter for at opnå dækkende protektion. Ubiquitinerings signalet er indbygget for at targetere det udtrykte konstruct til proteasomet for immunologisk processing der er nødvendig for korrekt peptid-præsentation i MHC-1 complexer på APC cellens overflade.De immunostimulatoriske bakterielle DNA sekvenser udgør et co-stimulus. Det valgfrie cytokin er indbygget til polycistron expression ved egen promotor og guider den APC celle til at frigive de cytokiner der er ønskelige for netop at opnå den slags immunitet der beskytter overfor det givne pathogen.